Jos Engelen(1950) is natuurkundige, sinds 1 januari 2009 voorzitter van het Nederland Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek ( NWO), het belangrijkste Nederlandse instituut voor wetenschapsfinanciering.
Jos Engelen studeerde natuurkunde aan de Radboud Universiteit Nijmegen. Na zijn afstuderen in 1973 werkte hij er als onderzoeker en docent, het behalen van zijn doctoraat in 1979. Van 1979 tot 1985 werkte Engelen bij Cern, het Europese onderzoekscentrum voor deeltjesfysica in Genève (Zwitserland).
In 1985 aanvaardde hij een positie bij de NWO-onderzoeksinstituut Nikhef(Nationaal instituut voor subatomaire fysica). Hij werd hoogleraar Experimentele Natuurkunde aan de Universiteit van Amsterdamin 1987. Bij Cern en Desy (Hamburg, Duitsland) voerde hij experimenten uit op het gebied van de sterke wisselwerking, harde fotoproductie en dispersie in diep inelastische botsingen. Hij ontwikkelde ook initiatieven voor onderzoek op het gebied van de astrodeeltjesfysica.
Van 2001 tot 2003 was Engelen directeur van Nikhef en in 2004 werd hij wetenschappelijk directeur en waarnemend directeur-generaal van CERN, een positie die hij bekleedde tot 2008. Zijn verantwoordelijkheden omvatten het toezicht op de bouw en ingebruikname van de nieuwe Large Hadron Collider(LHC)-deeltjesversneller en de bijbehorende experimentele set-ups. Van 2007 tot 2008 was Engelen voorzitter van Astron, het NWO-onderzoeksinstituut voor radioastronomie.